Volgens de KNA zijn er mogelijke aanleidingen voor archeologische begeleiding; Wanneer het door fysieke belemmeringen niet mogelijk is om adequaat vooronderzoek uit te voeren, wanneer op grond van beschikbare archeologische informatie wordt geconcludeerd dat het doen van een opgraving niet (meer) nodig is, maar men toch het zekere voor het onzekere wil nemen of wanneer sprake is van bijzondere onderzoeksvragen bij uitvoeringstrajecten.  In de praktijk houdt de begeleiding in dat er bij de graafwerkzaamheden archeologen aanwezig zijn, die eventuele archeologische waarden documenteren. Een belangrijk punt bij archeologische begeleidingen is dat de 'niet-archeologische' werkzaamheden bijna niet vertraagd worden. De begeleiding geschiedt in overleg met de aannemer.

Er zijn twee soorten archeologische begeleiding de een volgt het protocol proefsleuven en de ander het protocol opgraven. Het protocol proefsleuven heeft tot doel het aanvullen en toetsen van de gespecificeerde verwachting. Het gaat hierbij om een kleine ingreep in een groot gebied, of gebieden in stads- of dorpscentra, waar de archeologische waarden door opstallen pas door sloop toegankelijk worden. Na deze archeologische begeleiding kan alsnog een opgraving geadviseerd worden bij verdere bodemverstoringen. Het onderzoek leidt tot een rapportage waarin de resultaten van de archeologische begeleiding worden beschreven met eventueel een selectieadvies.

Het protocol opgraven heeft tot doel het documenteren van gegevens en het veiligstellen van materiaal van vindplaatsen om daarmee informatie te behouden die van belang is voor kennisvorming over het verleden. Het onderzoek leidt tot een rapportage waarin de resultaten van de archeologische begeleiding worden beschreven. Aangezien tijdens de archeologische begeleiding protocol opgraven alles weggegraven wordt, is dit meteen ook de laatste fase van het archeologische proces. Het rapport bevat dan ook geen advies voor vervolgonderzoek maar eventueel wel aanbevelingen voor naastgelegen percelen. Voorafgaande aan een archeologische begeleiding dient een Programma van Eisen (PvE) te worden opgesteld.